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Caractérisation et évaluation des prédictions génomiques des lignées de sorgho développées par le Chibas en Haïti.Ce travail de recherche s’inscrit dans le cadre d’un partenariat entre le Chibas et les Universités de Quisqueya, du Kansas et de Cornell, qui vise à mettre en place un programme de sélection génomique récurrente en Haïti. Le Chibas a démarré son programme d’amélioration du sorgho sucré en 2010 avec une méthode de sélection récurrente. Dans un premier cycle, les parents sont croisés avec une population mâle stérile et les meilleures familles ont été sélectionnées pour être inter-croisées dans un deuxième cycle. Ainsi, les lignées sous étude sont le résultat de ce programme de sélection récurrente. L’objectif de cette étude est d’analyser la variabilité génétique des lignées de sorgho développées par le Chibas pour voir s’il y a suffisamment de diversité pour faire de la sélection et si elles peuvent être utilisées comme population d’entrainement dans un programme de sélection génomique suite au goulot d’étranglement provoqué par un nouveau biotype de Melanaphis sacchari identifié en Haïti en 2015. Dans cette étude, 1660 marqueurs SNPs sont utilisés à partir du génotypage de 1283 lignées de sorgho suivant la technique de génotypage par séquençage. Pour les analyses de structuration, les méthodes suivantes sont utilisées : logiciel Structure, AFC, DAPC. Le package hierFstat est utilisé pour les calculs basiques en génétique. Les méthodes Fst outliers et outFlank sont utilisées pour la détection des traces de sélection. Et, pour la prédiction génomique, le modèle GBLUP est utilisé. Les résultats de l’AFC montrent que les lignées du Chibas sont moins éloignées du groupe Caudatum de l’Afrique de l’Est que tous les autres groupes du panel de diversité du sorgho. Ce résultat prouve qu’il y a une forte contribution des Caudatum de l’Afrique de l’Est à ce programme. Quant aux résultats des calculs de diversité, la population du Chibas a un indice de Nei égal à 0.11 qui est inférieur aux indices du groupe Caudatum de l’Afrique de l’Est (0.14) et du panel de diversité (0.25). Des traces de sélection ont été identifiées sur les chromosomes 6 et 10 au sein des lignées de sorgho du Chibas. Cette région du chromosome 6 a déjà été identifiée comme étant une région conférant la résistance aux pucerons du sorgho (Melanaphis sacchari). Pour la prédiction génomique, les niveaux de précision pour les caractères hauteur, degré brix et rendement grain sont respectivement de 50 %, 60 % et 5 %. La sélection génomique est réalisable avec les lignées de sorgho développées par le Chibas car la diversité de ces lignées n’est pas si faible et on obtient de bonnes prédictions génomiques pour les caractères héritables Fichier: 
Rubrique: Mémoire/Travaux Auteur: Jean Rigaud CHARLES | Date: 7 Juin 2018 |
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